我的本科和研究生都是在重慶讀的，最好的大學我不直接下結論，將重慶具有本科學歷層次的大學都列出來，稍作分析，希望題主能從其中找到自己想要的信息。
注：以上表格信息來源于陽光高考平臺
從上面的圖表不難看出，重慶市直屬教育部管的高校就兩所，一是重慶大學，二是西南大學。
重慶大學是“211工程”和“985工程”首批重點建設的高水平研究型綜合性大學；
西南大學是“211工程”、“985工程優勢學科創新平臺”。
在最近的“雙一流”建設中，重慶大學是國家“雙一流”A類世界一流大學，其雙一流建設學科是機械工程、電氣工程和土木工程；西南大學是“雙一流”世界一流學科建設高校，其雙一流建設學科是生物學。
由此看出重慶的大學，重慶大學和西南大學無疑是top2，但是具體分個高下，除了雙方各種的頭銜以外，還要綜合考慮學科上的因素。雖然兩者院校類型均為綜合，但重慶大學在工科方面十分強勢，是建筑類專業的“老八校”；而西南大學相對而言略顯偏文，最初也是由西南師范大學和西南農業大學組建而來，師范方面具有較大優勢，是國家實行師范生免費教育的7所高校之一，其心理學和蠶學也是優勢學科，雖然不知為何雙一流建設學科成了生物學。
至于重慶其他高校，我這里列出的都是一本和二本層次的，高職和專科沒有列出來，太多了。重慶的郵電大學、交通大學、醫科大學等等都是一本，這些大學基本上從名字也可以看出都有其特色和優勢學科；二本的話，確實學生得到的發展機會會少很多，我就是從二本考研上來的，很能感受到211和普通二本之間的巨大差距，不過二本也有一些是比較有特色的，我并不是了解每一所二本學院，從我了解的重慶文理學院來說，他的體育學院在重慶的話算是很好的了，它的材料與化工學院，由涂銘旌院士帶領，近些年成果也不少，其他的學院和專業就沒什么特別的了，其他的二本學校應該也是差不多的處境，總會有一個較強的學科。
綜上，希望能對題主和廣大閱讀者有所裨益。
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